Avanzado el año 1970 estaba aún en plena organización el aparato de seguridad comunista que operó durante el periodo de gobierno de Salvador Allende. En esa época, dirigían políticamente el frente juvenil de autodefensa Ulises Merino Varas y René Basoa Alarcón, desde sus puestos en la Comisión Nacional de Cuadros y miembros del Comité Central de las Juventudes Comunistas (la Jota), al mismo tiempo que coordinaban el ingreso de los jóvenes militantes al Servicio Militar y a las escuelas de suboficiales de las Fuerzas Armadas y Carabineros, todo ello bajo la supervisión de José Weibel Navarrete, subsecretario general de la Jota.

Estas mismas personas se encargaron, a partir de los años setenta, de seleccionar de entre los militantes de las Juventudes Comunistas a aquellos que se incorporarían a las escuelas de oficiales de las Fuerzas Armadas, de Carabineros y del entonces Servicio de Investigaciones.

En 1971 –probablemente a mediados de abril–, José Flores Garrido, un destacado miembro de la dirección de la autodefensa de la Jota,
fue designado para viajar a la RDA a prepararse en materias de seguridad. 

Entre sus compañeros de escuela estuvieron Daniel Escobar Cruz, que fue apresado en La Moneda para el golpe y luego asesinado;
Flores Garrido logró sortear la represión hasta el 11 de agosto de 1976, fecha en la que es secuestrado y desde la que es detenido desaparecido; Malaquías Delgadillo Navarro, detenido y torturado por el Comando Conjunto desde el 24 de octubre de 1975 y que luego, tras su liberación, escapara a Canadá, donde hoy reside; Eduardo Valenzuela, ex estudiante de la Universidad de Chile, actualmente radicado en Suecia; y David Canales, («Rolando»), actualmente en Chile.

A su regreso se le asignaron a Flores Garrido altas responsabilidades en el frente de seguridad del Partido. Desde al menos noviembre de 1975 fue incorporado al mismo nivel de jefatura que tenían «Santiago» y «Rolando», a quienes la Dirección ordenó salir del país por haber sido identificados y estar prácticamente cercados, viaje que tuvo lugar el 5 de marzo de 1976, luego de estar
escondidos y después asilados en la embajada de Hungría desde el 31 de diciembre anterior.

Debido a la traición de Carol Fedor Flores Castillo –detenido primero el 5 de junio del 74 y luego definitivamente el 7 de junio del 75–, quien era miembro del aparato militar en el Comité Regional Sur, cayó la mayoría de estas estructuras tanto en esa zona como en los comités regionales Norte y San Miguel, sobre todo a partir de mediados de 1975.

Esto también arrastró a la jefatura nacional del frente militar en septiembre, octubre y noviembre de 1975.

Desde la caída, tortura y pronta entrega de información por parte de Carol Flores en 1974, lo que permitió su liberación, éste fue hostigado por la inteligencia de la FACH y amenazado de muerte él y su familia, hasta que se entregó totalmente a sus designios, primero con simples datos y luego con el organigrama del frente militar regional y parte de la dirección regional y la de algunos comités locales.

Un año después, a la fecha de su segunda falsa captura, Carol Flores era ya un activo colaborador asalariado y miembro del Comando Conjunto, y comenzó así su masiva y aterradora caza de militantes comunistas.

La Inteligencia de la FACH fue el ente mejor preparado para la represión de las organizaciones de izquierda. Poseía la dirección de mayor nivel en Chile y deseaban limpiar la mancha de haber tenido en sus filas durante todo el gobierno de Allende no sólo la mayor cantidad de jóvenes oficiales progresistas, sino también haber aglutinado el mayor número de oficiales medios y superiores –constituidos formalmente como grupo– cursando en universidades e institutos de investigación materias de economía y ciencias sociales, en el espíritu de servir al gobierno y con tendencias claramente socialistas y constitucionalistas. Tal grupo fue desbaratado desde el mismo 11 de septiembre y sus integrantes tomados prisioneros, torturados, asesinados o expulsados al exilio.

Al vislumbrarse la primavera de 1975, las detenciones practicadas por el Comando Conjunto dejaron de ser selectivas y devinieron en masivas. Los miembros de uno de los grupos de detenidos comunistas, resultantes de una razia hacia los comités regionales de la Jota, estuvieron provisoriamente juntos en un centro de detención y acordaron, dado que sus captores sabían mucho de su participación partidaria, reconocer lo que había sido su actividad hasta el 11 de septiembre de 1973. Desde allí –dirían– no participaban en nada y sólo los unía la vieja amistad.

Finalmente tuvieron que nombrar, bajo tortura, a dirigentes y militantes conocidos. Los represores obtuvieron una buena base de
datos de militantes en el Frente Militar; también en el de Seguridad.

Obviamente, entre los identificados estaba parte importante de la Dirección Militar y de la Seguridad del Partido, plenamente activos en
la clandestinidad, y también la mayoría de los compañeros que viajaron al extranjero a recibir cursos de carácter paramilitar, de seguridad e inteligencia, entre los años 1969 y 1972. 

Viajaron a Moscú diez personas, entre los que estaban Miguel Estay Reyno (convertido luego en traidor, interrogador y ejecutor de sus propios compañeros); Víctor Vega Riquelme (asesinado luego). Todos los comunistas que viajaron fuera del país a cursos de perfeccionamiento entre 1965 y 1973 lo hicieron con sus identidades verdaderas y pasaportes legítimos.

Desde el comienzo de esta operación, el Comando Conjunto tenía el objetivo de identificar y cazar a los integrantes de todos los grupos que salieron al exterior –URSS, RDA y Cuba– a formarse paramilitarmente desde antes del gobierno de Allende, grupos que componían centenares de compañeros que salieron por períodos cortos, de dos, tres o más meses.

Entre ellos viajaron:

A Cuba, sólo como ejemplo, Ulises Merino Varas (detenido el 2 de febrero de 1976 y desaparecido después de su paso por «Remo
Cero», «Bellavista», Comisaría Las Tranqueras y «La Firma») y David Urrutia Galaz (capturado el 22 de diciembre de 1975 y asesinado en
«Remo Cero»). Ambos fueron en fecha posterior también al curso de Inteligencia o Seguridad a Europa.

Lo hicieron también en otro grupo que fue a Moscú, Ricardo Ramírez Herrera (hecho desaparecer desde Buenos Aires el 16 de abril de
1977, en la «Operación Cóndor»), Carlos Piñero Lucero (asesinado por la «Caravana de la Muerte» en Calama en 1973) y Rodolfo Núñez
Benavides (hecho desaparecer el 18 de mayo de 1976 en el marco de la encerrona de calle Conferencia).

Posteriormente viajaron a Moscú diez personas, entre los que estaban Miguel Estay Reyno (convertido luego en traidor, interrogador y ejecutor de sus propios compañeros); Víctor Vega Riquelme (asesinado luego). Todos los comunistas que viajaron fuera del país a cursos de perfeccionamiento entre 1965 y 1973 lo hicieron con sus identidades verdaderas y pasaportes legítimos.

En una subsiguiente delegación se dirigieron también a Moscú, Gastón Oyarzún Martínez, destacado montañista chileno, que recuperara su libertad gracias a su amistad con Roberto Fuentes Morrison, «El Wally»; Ignacio González Espinoza (asesinado en «Remo Cero»); Ricardo Weibel Navarrete (asesinado en «Remo Cero»); Juan Quiñones Ibaceta (capturado en una trampa que le tendió «el Fanta»), contemporáneamente a un grupo del frente de Propaganda, el 23 de julio de 1976, y hecho desaparecer desde «La Firma» entre otros.

También salió a hacer el mismo tipo de curso, en una oportunidad distinta, René Basoa Alarcón, «Renato», convertido en traidor a poco de caer prisionero.