Las denominadas “áreas protegidas” existentes en Chile no son las únicas zonas donde la industria productora de salmónidos mata ballenas. Desde 1994, el vasto océano Austral es un santuario de ballenas donde se prohíbe la captura de estos grandes cetáceos. A pesar de que actualmente no se cazan ballenas allí, éstas continúan muriendo a causa de las actividades humanas. El principal responsable es la pesquería de krill, cuyas crecientes capturas se utilizan principalmente como alimento para salmones de cultivo intensivo, debido a su alto contenido de omega-3 y pigmentos naturales que le entregan a la musculatura del salmón su característica y valorada coloración rosada.

El Comité Científico de la Comisión Ballenera Internacional reveló que la presencia del mamífero en una zona de alimentación de Chiloé ha descendido en torno al 3% anual entre 2004 y 2017. Además, se detectó un aumento en la mortalidad por causas humanas de ballenas francas australes, solicitando el comité la toma de medidas.