Juan Pablo Aguirre fue sobreseído luego de que Fiscalía no halló pruebas entre su administración y la pérdida de $194 millones en cheques de restaurante. La querella fue interpuesta por la USACH en 2020, pero la universidad no pudo probar la culpabilidad del ex director ni insistió en su persecución ante tribunales.

La nueva administración presentó el recurso contra Juan Pablo Aguirre, y su secretaria por la apropiación de 2.356 talonarios, hecho que se descubrió gracias a una auditoría encargada por el propio Aguirre y que estuvo escondida desde 2017. La secretaria se acogió a suspensión condicional, mientras el ex director se encuentra con arraigo y firma mensual.