Según el informe de la Red de Humedales del Biobío, las principales amenazas identificadas incluyen la urbanización acelerada, proyectos inmobiliarios, proyectos impulsados por el estado de Chile, rellenos ilegales, vertidos tóxicos y cambios en los regímenes hídricos, entre otros. Estas presiones no solo deterioran la calidad del agua y la biodiversidad, sino que también erosionan el valor social y recreativo de estos espacios.

La Red de Humedales del Biobío logró catastrar a 29 de los 86 humedales presentes en la región. De la muestra, que representa un 33% de los humedales de la zona, menos de la mitad están protegidos y apenas uno cuenta con un plan de manejo, aunque éste continúa sin ejecutarse según el reporte.

Una ola de reclamaciones de privados ha permitido retrotraer y amenazar las declaratorias de 29 humedales. Esto es posible -en parte- por el accionar defectuoso del Ministerio de Medio Ambiente, durante Sebastián Piñera y Gabriel Boric, en el proceso de declaratorias. En su descargo acusan falta de presupuesto específico en la ley.

La ladera sur del río ubicada en la comuna de Santo Domingo es Santuario de la Naturaleza, en cambio, la ladera norte ubicada en San Antonio es área industrial según el Plan Regulador de la comuna. El Ministerio de Medio Ambiente rechazó la solicitud de declarar humedal urbano las tres lagunas que colindan con el terminal marítimo, decisión que los vecinos impugnaron por medio del tribunal ambiental.