Juan Pablo Aguirre fue sobreseído luego de que Fiscalía no halló pruebas entre su administración y la pérdida de $194 millones en cheques de restaurante. La querella fue interpuesta por la USACH en 2020, pero la universidad no pudo probar la culpabilidad del ex director ni insistió en su persecución ante tribunales.

La nueva administración presentó el recurso contra Juan Pablo Aguirre, y su secretaria por la apropiación de 2.356 talonarios, hecho que se descubrió gracias a una auditoría encargada por el propio Aguirre y que estuvo escondida desde 2017. La secretaria se acogió a suspensión condicional, mientras el ex director se encuentra con arraigo y firma mensual.

A continuación la carta del empresario Juan Pablo Aguirre, en respuesta al artículo Ex director de empresas USACH ganó con su empresa privada una licitación pública en la que compitió contra la universidad que él mismo representaba.

En 2016 Juan Pablo Aguirre compitió por el convenio marco para proveer Consultorías en desarrollo y gestión de personas con su empresa Netcomputer, y en paralelo postuló a la misma licitación con la SDT de la USACH.  Ganó privadamente $12.388.171 en cinco años.

El documento cuestiona el proyecto llevado a cabo por el decano Jorge Friedman. Se señala que no hubo un proceso de licitación y que profundizó el déficit económico de la Facultad de Administración y Economía, afectando de paso el financiamiento de otras unidades académicas de ese plantel.